祁连山脉位于中国的青海省、甘肃省和新疆维吾尔自治区的交界处，横跨了这三个省份。
祁连山地理位置：中国青海省东北部与甘肃省西部边境。
狭义的祁连山是指祁连山脉最北的一支山岭（其主峰在走廊南山西端，海拔5547米）。广义的祁连山，或称“祁连山脉”，是甘肃省西部和青海省东北部边境山地的总称。地处甘肃、青海两省交界处，东起乌鞘岭的松山，西到当金山口，北临河西走廊，南靠柴达木盆地。
地跨天祝、肃南、古浪、凉州、永昌、山丹、民乐、甘州八县（区）。其中，在青海境内位于柴达木盆地北缘，茶卡—沙珠玉盆地，黄河干流一线之北，北至省界，西起当金山口，东至青海省界。
地理坐标：东经94°10'－103°04'，北纬35°50‘－39°19′。地跨海东市、西宁市、海北州大部或全部。东西长800公里，南北宽200－400公里。
地质特征
祁连山为昆仑秦岭地槽褶皱系的一个典型加里东地槽，褶皱迥返于陆相泥盆系磨拉石建造之前。北祁连山及河西走廊见中、下泥盆统不整合于下古生界（如武威杂木寺）及加里东晚期花岗岩（如九条岭南马良沟等）之上，拉脊山见中、下泥盆统不整合于中、上奥陶统之上。
南祁连山乌兰大坂见上泥盆统不整合于下志留统之上，代表祁连山主要于加里东晚期褶皱成山，基本由地槽变为地台发展阶段，故晚古生代一中、新生代均为地台盖层沉积。祁连山的北界为塔里木一阿拉善地台，以大断裂分界。
南界与东昆仑和西秦岭褶皱系间也为大断裂所切，两者沉积地层不同，如中吾农山一青海南山石炭、二叠系为冒地槽沉积，局部夹火山岩，而欧龙布鲁克隆起带寒武一奥陶纪时为地台型砂页岩碳酸盐建造，厚700－2000余米，假整合于上元古界全吉群之上。
